Потребовалось два года работы суперкомпьютера, чтобы имитировать 1,2 микросекунды жизни капсида (внешняя оболочка вируса) ВИЧ, которая доставляет ВИЧ в ядро клетки человека. Моделирование 64 миллионов атомов дает новое представление касательно того, как вирус входит в окружающую среду и завершает свой инфекционный цикл. Моделирование капсидов было выполнено на суперкомпьютере «Титан» Министерства энергетики. Для анализа данных потребовался второй суперкомпьютер Blue Waters из национального центра программ для суперкомпьютеров.

Капсид ВИЧ состоит из сотен идентичных белков, расположенных в сети шестисторонних и пятисторонних фрагментов, с крошечной порой в центре. Капсид содержит генетический материал вируса, скрывая его от защиты клеток хозяина. Капсид также переносит вирус в ядро клетки, которая должна быть инфицирована.

Массивное моделирование показывает, что капсид ВИЧ взаимодействует со окружающей средой, меняясь согласно стимулам окружения.

Полученные данные показывают потенциальные уязвимости, которые могут быть использованы для разработки новых препаратов для поражения вируса ВИЧ, нацеливаясь именно на его капсид.