Несмотря на то, что в Эстонии наметилась тенденция к снижению заболеваний ВИЧ-инфекцией, показатель пораженности остается одним из самых высоких в Европейском союзе.

Первый случай заражения ВИЧ был выявлен в Эстонии в 1988 году.
В 1999 году в Эстонии было диагностировано 96 случаев ВИЧ-инфекции. При этом только четыре человека могли заразиться ВИЧ путем применения инъекционных наркотиков. 43 человека (45 процентов), вероятно, были инфицированы за границей.
В начале эпидемии, 2000 году, ВИЧ заражались в основном в результате укола в вену инфицированным шприцом (90 процентов ВИЧ-инфицированных).
В 2013 году более 60 процентов новых случаев ВИЧ-инфекции были диагностированы в Таллинне, в Ида-Вирумаа их доля составляла 38 процентов.
Львиная доля тех, кто в 2013 году заразился ВИЧ в Эстонии, были старше 30 лет (126 человек).